این كتاب دارای چهل فائده است در مسایل كلامی ، فلسفی ، منطقی ، اصول فقه و عبادات و مؤلف آنرا برای قطب الدین محمد شاه دكنی ساخته و در دیباچه این كتاب گوید: «چون این رساله در طریقه خاصه به منزله كتاب اربعین فخر رازی است در طریقه عامه مرتب بر چهل فائده شد». در فائده اول دانشمندان را به ۶ فرقه تقسیم كرده اشراقیان ، صوفیان متشرع ، مشائیان ، كلامیان ، پیروان معصومین و تنها فرقه آخر را بر صواب دانسته . در ذیل این فائده تاریخچه آغاز رواج علم اصول فقه و روش فلسفی و نظری را در اصول عقائد پس از كلینی ، و تحولات آن را تا زمان علامه حلی و پس از علامه تا زمان استاد خود میرزا محمد استرآبادی (البته بر اساس معتقدات خود) شرح داده . روی علامه را پایه گذار و مروج طریقه مركبه (خلط بین طریقه عقلی و نقلی در كلام و در اصول فقه) شناسد و روشی را كه او در باب تقسیم احادیث به ۴ قسم و شیوه ای را كه در تصحیح و جرح و تعدیل اخبار و اجماعات اتخاذ كرده و بعدها مورد پسند شهید ثانی و شیخ علی كركی و دیگران قرار گرفته ، بغفلت منسوب دارد و در بیان آغاز پیكار خود با مجتهدان گوید:«پس ایشان (یعنی میرزا محمد استرآبادی) بعد از آنكه جمیع فنون احادیث را بفقیر تعلیم كردند بفقیر اشاره كردند كه -احیاء طریقه اخباریان بكن و شبهات كه معارضه با آن طریقه دارد ، رفع آن شبهان كن مرا این معنی بر خاطر میگذشت لیكن رب العزة تقدیر كرده بود كه این معنی بر قلم تو جاری شود -پس فقیر بعد از آنكه جمیع علوم متعارفه را از اعظم علماء آن فنون اخذ كرده بودم در مدینه منوره سر بگریبان فكر فرو میبردم ... تا آنكه به توفیق رب العزه ... باشاره لازم الاطاعه امتثال نمودم و بتألیف فوائد مدینه موفق شدم- و به به مطالله شریف ایشان رسید». استرآبادی در این كتاب از قطب رازی قوشچی و گرگانی بخوبی یاد كرده و بر دوانی و صدر دشتكی تاخته و هرجا مناسبتی پیش آمده از تعرض و طعن بر دوانی و صدرالدین شیرازی دریغ نداشته و بتكرار آندو را مخرب دانشها متظاهر و مرائی و افكار آنانرا نادرست و واهی و خیالات فاسد خوانده است . وی در یكجا گوید: «منطق و حكمت و كلام ... ببركت افكار صحیحه سلطان المحققین نصیرالملة و الدین و انظار مستقیمه قطب المله و الدین و در نتیجه تنقیح سید المحققین ... جرجانی و مولانا علی قوشجی تنقیح تمام یافته بود و چون نوبت ... باین دو مشكك مستعجل متخاصم حریص در تخریب كلام قوم بقصد تحصیل جاه و شهرت در میانه عوام رسید، طرفی از منطق و اكثر حكمت و كلام را حركت قهقرائی بخلاف صواب دادند و فاضل دوانی میخواست بوسیله رد كلام محققین رئیس محققین شود و در واقع همگی افكار او واهیست چنانكه در این رساله و در فوائد مدنیه بیان كرده ایم» در دنباله سخنان بالا، عقیده ای كه درباره چند كتاب اظهار داشته جالب است:«چند چیز كه نزد اهل تحقیق ، تحصیل آن شبیه است به اینكه شخص تفحص كند كاه دانی بقصد آنكه سوزن گم شده یابد، یكی از آن فن معمی ، دیگری كافیه ابن حاجب در نحو دیگری شرح جامی ، دیگر حواشی دنیه دوانیه بر شرح جدید تجرید و بر حواشی مطالع و تهذیب منطق و فقیر بقصد هدایت خلق اظهار این معنی كرد . در ذیل فائده شانزدهم سخن دیگر مانند این سخن دارد كه جالب است: «دو كتاب است كه در بلاد عجم تعلیم و تعلم آن شایع شده یكی شرح جامی بر كافیه ابن حاجب و یكی حواشی دوانی بر شرح تجرید و با آنكه اكثر فضلای عجم ادراكات عالیه دارند عایق ایشان از تحصیل حق، این دو كتاب است». پس از این برنامه خاصی برای تحصیل علوم پیشنهاد كرده است (ص ۳۲ دفتر) در فائده ۲۴، حدیث معروف منقول از حضرت سجاد را كه (سوره توحید نازل شد برای مردم آخر زمان كه افكار عمیق دارند) چنین معنی كرده است: مردم آخر زمان در اثبات توحید بدلیل نقل مانند سوره توحید اكتفا خواهند كرد . در فائده سیم در باب صفات ذات و صفات فعل سخن گفته و اراده و علم و كلام را از صفات فعل دانسته . در فائده ۳۸ تمام دعاء كمیل را نقل كرده (به مناسبت سخن درباره خلود كفار) و فائده ۴۰ نیز در ادعیه و عبادات است . استرآبادی در دانشنامه از فوائد مدنیه و حواشی خود بر كافی بتكرار یاد كرده .